DNMT3L

ДНК (цитозин-5)-метилтрансфераза 3-подобный фермент
ДНК (цитозин-5)-метилтрансфераза 3-подобный фермент
	Представлено на основе PDB 2PV0.
Доступные структуры
PDB	Поиск ортологов: PDBe, RCSB
	Список идентификаторов PDB 2PV0, 2PVC, 2QRV
Идентификаторы
Символ	DNMT3L ; MGC1090
Внешние ID	OMIM: 606588 MGI: 1859287 HomoloGene: 8362 GeneCards: Ген DNMT3L
Функция	• protein binding; • enzyme activator activity; • enzyme binding; • metal ion binding;
Компонент клетки	• condensed nuclear chromosome; • nucleus; • nuclear heterochromatin; • cytosol;
Биологический процесс	• in utero embryonic development; • placenta development; • DNA methylation; • regulation of gene expression by genetic imprinting; • spermatogenesis; • positive regulation of catalytic activity; • negative regulation of transcription, DNA-templated; • chorionic trophoblast cell differentiation;
	Источники: Amigo / QuickGO
Профиль экспрессии РНК
	Больше информации
Ортологи

ДНК (цитозин-5)-метилтрансфераза 3-подобный фермент англ. DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3-like, DNMT3L — фермент, кодируемый у человека геном DNMT3L^[1]^[2].

Функции

CpG-метилирование — эпигенетическая модификация, важная для эмбрионального развития, импринтинга и инактивации Х-хромосомы. Исследования на мышах показали, что метилирование ДНК требуется для развития млекопитающих. Ген DNMT3L кодирует ядерный белок, похожий на ДНК-метилтрансферазу. Этот белок не функционирует как ДНК-метилтрансфераза, так как он не содержит аминокислотных остатков, необходимых для активности метилтрансферазы. Тем не менее, этот белок стимулирует de novo метилирование ДНК-цитозин-метилтрансферазы 3-α, и считается, что он необходим для создания материнских геномных импринтов. Этот белок также является посредником репрессий транскрипции путём взаимодействия с гистондеацетилазой 1 (HDAC1). Альтернативный сплайсинг даёт два варианта транскриптов. Был описан дополнительный вариант сплайсинга, но его биологическое действие не было определено^[2].

Взаимодействия с другими белками

DNMT3L, как было выявлено, взаимодействует с HDAC1^[3]^[4].

Примечания

↑ Aapola U., Kawasaki K., Scott H.S., Ollila J., Vihinen M., Heino M., Shintani A., Kawasaki K., Minoshima S., Krohn K., Antonarakis S.E., Shimizu N., Kudoh J., Peterson P. Isolation and initial characterization of a novel zinc finger gene, DNMT3L, on 21q22.3, related to the cytosine-5-methyltransferase 3 gene family (англ.) // Genomics : journal. — Academic Press, 2000. — August (vol. 65, no. 3). — P. 293—298. — doi:10.1006/geno.2000.6168. — PMID 10857753.
↑ ¹ ² Entrez Gene: DNMT3L DNA (cytosine-5-)-methyltransferase 3-like . Архивировано 11 мая 2009 года.
↑ Aapola U., Liiv I., Peterson P. Imprinting regulator DNMT3L is a transcriptional repressor associated with histone deacetylase activity (англ.) // Nucleic Acids Res. : journal. — 2002. — Vol. 30, no. 16. — P. 3602—3608. — doi:10.1093/nar/gkf474. — PMID 12177302. — PMC 134241.
↑ Deplus R., Brenner C., Burgers W.A., Putmans P., Kouzarides T., de Launoit Y., Fuks F. Dnmt3L is a transcriptional repressor that recruits histone deacetylase (англ.) // Nucleic Acids Res. : journal. — 2002. — September (vol. 30, no. 17). — P. 3831—3838. — doi:10.1093/nar/gkf509. — PMID 12202768. — PMC 137431.

Литература

Hattori M; Fujiyama A; Taylor TD; Taylor, T. D.; Watanabe, H.; Yada, T.; Park, H.-S.; Toyoda, A.; Ishii, K. The DNA sequence of human chromosome 21 (англ.) // Nature. — 2000. — Vol. 405, no. 6784. — P. 311—319. — doi:10.1038/35012518. — PMID 10830953.
Hata K., Okano M., Lei H., Li E. Dnmt3L cooperates with the Dnmt3 family of de novo DNA methyltransferases to establish maternal imprints in mice (англ.) // Development : journal. — 2002. — Vol. 129, no. 8. — P. 1983—1993. — PMID 11934864.
Burgers W.A., Fuks F., Kouzarides T. DNA methyltransferases get connected to chromatin (англ.) // Trends Genet. : journal. — 2002. — Vol. 18, no. 6. — P. 275—277. — doi:10.1016/S0168-9525(02)02667-7. — PMID 12044346.
Aapola U., Liiv I., Peterson P. Imprinting regulator DNMT3L is a transcriptional repressor associated with histone deacetylase activity (англ.) // Nucleic Acids Res. : journal. — 2002. — Vol. 30, no. 16. — P. 3602—3608. — doi:10.1093/nar/gkf474. — PMID 12177302. — PMC 134241.
Deplus R; Brenner C; Burgers WA; Putmans, P; Kouzarides, T; De Launoit, Y; Fuks, F. Dnmt3L is a transcriptional repressor that recruits histone deacetylase (англ.) // Nucleic Acids Res. : journal. — 2002. — Vol. 30, no. 17. — P. 3831—3838. — doi:10.1093/nar/gkf509. — PMID 12202768. — PMC 137431.
Kierszenbaum A.L. Genomic imprinting and epigenetic reprogramming: unearthing the garden of forking paths (англ.) // Mol. Reprod. Dev. : journal. — 2003. — Vol. 63, no. 3. — P. 269—272. — doi:10.1002/mrd.90011. — PMID 12237941.
Strausberg RL; Feingold EA; Grouse LH; Derge, JG; Klausner, RD; Collins, FS; Wagner, L; Shenmen, CM; Schuler, G.D. Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. — 2003. — Vol. 99, no. 26. — P. 16899—16903. — doi:10.1073/pnas.242603899. — PMID 12477932. — PMC 139241.
Chedin F., Lieber M.R., Hsieh C.L. The DNA methyltransferase-like protein DNMT3L stimulates de novo methylation by Dnmt3a (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. — 2003. — Vol. 99, no. 26. — P. 16916—16921. — doi:10.1073/pnas.262443999. — PMID 12481029. — PMC 139244.
Huntriss J; Hinkins M; Oliver B; Harris, S.E.; Beazley, J.C.; Rutherford, A.J.; Gosden, R.G.; Lanzendorf, S.E.; Picton, H.M. Expression of mRNAs for DNA methyltransferases and methyl-CpG-binding proteins in the human female germ line, preimplantation embryos, and embryonic stem cells (англ.) // Mol. Reprod. Dev. : journal. — 2004. — Vol. 67, no. 3. — P. 323—336. — doi:10.1002/mrd.20030. — PMID 14735494.
Suetake I; Shinozaki F; Miyagawa J; Takeshima, H; Tajima, S. DNMT3L stimulates the DNA methylation activity of Dnmt3a and Dnmt3b through a direct interaction (англ.) // J. Biol. Chem. : journal. — 2004. — Vol. 279, no. 26. — P. 27816—27823. — doi:10.1074/jbc.M400181200. — PMID 15105426.
Gerhard DS; Wagner L; Feingold EA; Shenmen, CM; Grouse, LH; Schuler, G; Klein, SL; Old, S; Rasooly, R. The Status, Quality, and Expansion of the NIH Full-Length cDNA Project: The Mammalian Gene Collection (MGC) (англ.) // Genome Res. : journal. — 2004. — Vol. 14, no. 10B. — P. 2121—2127. — doi:10.1101/gr.2596504. — PMID 15489334. — PMC 528928.
Rual JF; Venkatesan K; Hao T; Hirozane-Kishikawa, Tomoko; Dricot, Amélie; Li, Ning; Berriz, Gabriel F.; Gibbons, Francis D.; Dreze, Matija. Towards a proteome-scale map of the human protein-protein interaction network (англ.) // Nature : journal. — 2005. — Vol. 437, no. 7062. — P. 1173—1178. — doi:10.1038/nature04209. — PMID 16189514.
Hata K; Kusumi M; Yokomine T; Li, En; Sasaki, Hiroyuki. Meiotic and epigenetic aberrations in Dnmt3L-deficient male germ cells (англ.) // Mol. Reprod. Dev. : journal. — 2006. — Vol. 73, no. 1. — P. 116—122. — doi:10.1002/mrd.20387. — PMID 16211598.
Xie ZH; Huang YN; Chen ZX; Riggs, AD; Ding, JP; Gowher, H; Jeltsch, A; Sasaki, H; Hata, K. Mutations in DNA methyltransferase DNMT3B in ICF syndrome affect its regulation by DNMT3L (англ.) // Human Molecular Genetics : journal. — Oxford University Press, 2006. — Vol. 15, no. 9. — P. 1375—1385. — doi:10.1093/hmg/ddl059. — PMID 16543361.
Yokomine T., Hata K., Tsudzuki M., Sasaki H. Evolution of the vertebrate DNMT3 gene family: a possible link between existence of DNMT3L and genomic imprinting (англ.) // Cytogenet. Genome Res. : journal. — 2006. — Vol. 113, no. 1—4. — P. 75—80. — doi:10.1159/000090817. — PMID 16575165.
Hu YH; Warnatz HJ; Vanhecke D; Wagner, Florian; Fiebitz, Andrea; Thamm, Sabine; Kahlem, Pascal; Lehrach, Hans; Yaspo, Marie-Laure. Cell array-based intracellular localization screening reveals novel functional features of human chromosome 21 proteins (англ.) // BMC Genomics : journal. — 2006. — Vol. 7. — P. 155. — doi:10.1186/1471-2164-7-155. — PMID 16780588. — PMC 1526728.
Kareta MS; Botello ZM; Ennis JJ; Chou, C; Chédin, F. Reconstitution and mechanism of the stimulation of de novo methylation by human DNMT3L (англ.) // J. Biol. Chem. : journal. — 2006. — Vol. 281, no. 36. — P. 25893—25902. — doi:10.1074/jbc.M603140200. — PMID 16829525.
Ooi SK; Qiu C; Bernstein E; Li, Keqin; Jia, Da; Yang, Zhe; Erdjument-Bromage, Hediye; Tempst, Paul; Lin, Shau-Ping. DNMT3L connects unmethylated lysine 4 of histone H3 to de novo methylation of DNA (англ.) // Nature : journal. — 2007. — Vol. 448, no. 7154. — P. 714—717. — doi:10.1038/nature05987. — PMID 17687327. — PMC 2650820.
Jia D; Jurkowska RZ; Zhang X; Jeltsch, Albert; Cheng, Xiaodong. Structure of Dnmt3a bound to Dnmt3L suggests a model for de novo DNA methylation (англ.) // Nature : journal. — 2007. — Vol. 449, no. 7159. — P. 248—251. — doi:10.1038/nature06146. — PMID 17713477. — PMC 2712830.

[pmid10857753-1] Aapola U., Kawasaki K., Scott H.S., Ollila J., Vihinen M., Heino M., Shintani A., Kawasaki K., Minoshima S., Krohn K., Antonarakis S.E., Shimizu N., Kudoh J., Peterson P. Isolation and initial characterization of a novel zinc finger gene, DNMT3L, on 21q22.3, related to the cytosine-5-methyltransferase 3 gene family (англ.) // Genomics : journal. — Academic Press, 2000. — August (vol. 65, no. 3). — P. 293—298. — doi:10.1006/geno.2000.6168. — PMID 10857753.

[entrez-2] ¹ ² Entrez Gene: DNMT3L DNA (cytosine-5-)-methyltransferase 3-like . Архивировано 11 мая 2009 года.

[pmid12177302-3] Aapola U., Liiv I., Peterson P. Imprinting regulator DNMT3L is a transcriptional repressor associated with histone deacetylase activity (англ.) // Nucleic Acids Res. : journal. — 2002. — Vol. 30, no. 16. — P. 3602—3608. — doi:10.1093/nar/gkf474. — PMID 12177302. — PMC 134241.

[pmid12202768-4] Deplus R., Brenner C., Burgers W.A., Putmans P., Kouzarides T., de Launoit Y., Fuks F. Dnmt3L is a transcriptional repressor that recruits histone deacetylase (англ.) // Nucleic Acids Res. : journal. — 2002. — September (vol. 30, no. 17). — P. 3831—3838. — doi:10.1093/nar/gkf509. — PMID 12202768. — PMC 137431.

[1]

[2]

[3]

[4]